Eckbert wurde vor dem 4. März 1203 gewählt und am 22. Dezember 1203 geweiht.
Bevor er zum Bischof geweiht wurde, war er Dompropst und zuvor Propst von St. Gangolf in Bamberg. König Philipp hat ihn wahrscheinlich sofort belehnt, obwohl er das kanonische Alter (30 Jahre) noch nicht erreicht hatte. Seine Ministerialen befanden ihn trotz seiner jungen Jahre aufgrund seiner hohen Herkunft und wegen „persönlicher Tüchtigkeit“ für würdig, Bischof zu werden. Im Dezember 1203 traf Eckbert Papst Innozenz III. in Anagni, um die Bestätigung seiner Wahl zu erreichen. Diesen Wunsch erfüllte der Papst ihm allerdings nicht. Stattdessen stellte er ihm eine Ernennungsbulle aus, die Bulle „Cum delecti“. Gleichzeitig bestrafte er aber auch diejenigen, die Eckbert gewählt hatten, mit Entzug ihres Wahlrechts und kirchlicher Benefizien auf drei Jahre. Am 21. oder 22. Dezember 1203 weihte Papst Innozenz III. Eckbert eigenhändig zum Bischof. Dafür musste er schwören, dass er, wenn es um Reichsangelegenheiten ging, immer auf die Stimme seines Papstes hören werde. Dies sollte schon bald verhängnisvoll für ihn werden.
Denn Eckbert unterstützte König Philipp bei seinem Ringen um die Herrschaft im Heiligen Römischen Reich. Papst Innozenz III. aber stand auf der Seite des Gegners, Otto von Braunschweig. Er sah Eckberts Haltung als einen Bruch seines Weihgelöbnisses an und suspendierte ihn 1205 von seinem Amt. Erst als dieser mit einem Brief, in dem er Zurückhaltung gelobte, einlenkte, setzte ihn Innozenz 1206 wieder ein. In der Folgezeit unterstützte Eckbert König Philipp jedoch weiter, vor allem als Zeuge bei der Ausstellung von königlichen Urkunden. Außerdem hielt er sich regelmäßig an seinem Hof in Salzburg auf. Ab 1208 bestand dann auch ein Frieden zwischen Innozenz und Philipp, sodass Eckbert gefahrlos den König bis zu dessen Tod im gleichen Jahr unterstützen konnte. 1209 wurde er aber als mitverantwortlich für den Mord an Philipp befunden und floh, nachdem die Reichsacht über ihn verhängt worden war, nach Ungarn. Papst Innozenz III. setzte sich dafür ein, dass erst einmal untersucht werden müsse, ob Eckbert überhaupt schuldig gewesen sei. 1212 wurde er rehabilitiert. In den folgenden Jahren bis 1215 kümmerte sich Eckbert wieder um seine Diözese, vor allem um das Kloster Langheim und St. Gangolf in Bamberg. Im Jahr 1215 nahm Eckbert das Kreuz („das Kreuz nehmen“ bedeutete, am folgenden Kreuzzug teilzunehmen) auf dem Reichstag in Aachen. Im gleichen Jahr nahm er am IV. Laterankonzil in Rom teil und kehrte 1216 nach Bamberg zurück. Er stellte dann vor allem Urkunden für die Klöster Langheim, Banz, St. Theodor und St. Michael aus.
Im August 1217 trat Eckbert dann auch seinen 1215 gelobten Kreuzzug an. Er kehrte 1220 zurück und bereiste von Ungarn aus seine Besitzungen in Bayern und Österreich. Unter seinem Episkopat wurde Nürnberg 1219 zur Reichsstadt und unterstand damit in weltlicher Hinsicht nicht mehr dem Bischof von Bamberg, sondern dem König des Hl. Röm. Reiches. Eckbert war wahrscheinlich Mittler zwischen Papst Gregor IX. und Kaiser Friedrich II. in Italien. Dieser hatte sich nicht an die Fristen für den Kreuzzug gehalten und wurde deshalb von Papst Gregor IX. 1227 mit dem Kirchenbann belegt. Ab 1228 weilte Eckbert wieder in Bamberg. Unter anderen und vor allem beaufsichtigte er dort den Bau des heute noch stehenden dritten Bamberger Domes. Im Jahr 1231 begab er sich wieder nach Italien, um vielleicht im Auftrag Kaiser Friedrichs II. Verhandlungen über die Versöhnung des Papstes mit dem Kaiser zu führen. Im Rahmen seiner diplomatischen Tätigkeiten reiste Eckbert weit im Reich und auch außerhalb herum. Einen Monat vor seinem Tod wurde der letzte Dom von Bamberg am 6. Mai 1237 geweiht.
Bischof Eckbert von Andechs starb am 5. Juni 1237 in Wien am Alter von 66 Jahren.